Este espaço conta com uma exposição de exemplares vivos que se caracteriza pela diversidade, apresentando espécies animais e vegetais pertencentes aos mais variados grupos zoológicos e botânicos, provenientes de ecossistemas de água doce, salgada e salobra, de ambos os Hemisférios. A fauna da costa portuguesa ocupa, no entanto, o lugar de destaque.
A vertente Museológica constituida pela colecção oceanográfica D. Carlos constitui o espólio mais valioso do Museu merecendo por isso especial destaque nas salas de exposição. De facto, a maior parte dos exemplares expostos no átrio e nas salas do primeiro andar, fazem parte desta colecção de grande valor histórico e científico.
Como atracção suplementar existem horários em que se pode assistira à alimentação das focas e no seu exterior, nos lagos, ser o próprio visitante a alimentar os peixes.
O Aquário Vasco da Gama está aberto todos os dias do ano entre as 10h e as 18h (fecho da bilheteira às 17h30m).
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